交通运输部科学研究院成立于1960年11月17日。

1999年9月，原交通部科学研究院 （含长江口深水航道科学试验中心）、交通部科技信息研究所、交通部标准计量研究所、交通部广州信息技术研究所重组成立交通部科学研究院。

 2010年1月1日，正式更名为交通运输部科学研究院。

现为交通运输部直属综合性科研事业单位，主要面向政府主管部门、交通运输行业开展基础性、前瞻性、公益性研究以及技术咨询、服务工作是支持部科学决策、部机关履行职能和行业科技创新的重要力量。在交通运输发展战略规划、政策法规、标准等方面的研究成果被政府部门大量采用；在信息化、环保安全、低碳交通、公路工程等领域的尖端技术得到市场的广泛应用；在行业科技交流、成果推广、检测认证等科技服务领域做出了重要贡献。

交科院科技集团有限公司是交通运输部科学研究院全资公司，城市交通事业部是交科院科技集团下属的研究部门，主要从事城市交通与轨道交通法规制度、政策标准、规划设计、技术研发等业务。因工作需要，现招聘科研岗1人，从事有关城市轨道交通运营管理方面的研究和咨询工作。